低位和高位肛瘘的区别，主要是看瘘管处于的位置。如果瘘管在肛直环之上，处于括约肌的上面，这是属于高位肛瘘；如果瘘管在括约肌划线的以下部位，就是低位肛瘘。
低位肛瘘一般采用切开瘘管治疗手术，不会伤害到括约肌，不会影响到患者的大便，治疗后的恢复时间也较快。如果是高位肛瘘做手术较为复杂，在切开瘘管的同时，会有可能损伤到肛门括约肌，从而诱发肛门不能自主收缩，有可能导致患者大便失禁。
在治疗之前需要做相关系统的检查，比如核磁共振造影，确诊肛瘘的位置再制定治疗方案。