慢性结肠炎具有一定的遗传倾向。临床上资料显示，不少患者存在慢性结肠炎家族史，因此，很有可能会遗传给孩子。
慢性结肠炎的病因较复杂，除遗传外，还有以下几种：
一、长期精神心理因素。长期心理压力过大、焦虑、紧张、抑郁等，可能会导致免疫力下降，使肠道菌群紊乱，从而造成慢性结肠炎。
二、肠道免疫功能异常。某些具有遗传易感的特定人群，如果在一些感染或其它刺激因素下，可能会出现机体免疫紊乱，造成慢性结肠炎。
三、饮食不洁引发感染。长期吃腌制类食物，或者所吃食物、水源不卫生，会导致肠道菌群失调，引发肠道感染，出现慢性结肠炎。
四、其它病因。长期服用某些药物，如避孕药等，可损伤胃肠道黏膜，造成慢性结肠炎。