有内源性的原因，比如反复的呕吐、消化液对食管黏膜的损伤；还有外源性的原因，比如进行一些内镜的有创检查或者是不恰当的吞咽等。
食管穿透性损伤形成以后，要进行完善的检查，明确损伤的程度。轻度的食管穿透性损伤，感染症状轻，可以尝试保守治疗，但要动态的观察。大部分食管穿透性损伤的病人需要手术治疗，同时要进行积极的抗感染，避免出现纵隔的脓肿、脓胸，甚至是全身的脓毒血症。
食管穿透性损伤是一种临床急症，延误就诊或者是拖延治疗，常常会加重病情，造成更加严重的后果。