阴茎根部按压疼痛，可能为前列腺炎所引起，由于前列腺器官与阴茎根部紧密相连，当前列腺部位存在炎症反应时，炎症的刺激作用可导致患者整个前列腺产生弥漫性的肿大症状，而且炎性产物还会对周围的神经形成刺激，进而造成阴茎根部按压疼痛。
其次，可能为精索静脉曲张所引起，曲张的精索静脉会导致阴茎局部血液循环不畅，致使阴茎局部出现相对缺血的状态，也可引起阴茎根部按压疼痛，还可伴有睾丸酸胀感。
此外，还可能为淋菌性尿道炎所致，由于存在不洁的性接触史，很可能会感染淋球菌等特殊的病原体，导致尿道内部感染发炎，也会造成阴茎根部按压疼痛。