韦格纳性巩膜炎多发生眼部或全身的并发症或者后遗症。常常出现角膜炎、前葡萄膜炎、白内障、青光眼、黄斑部病变，从而导致视力下降甚至失明。是全身血管性疾病发病的前兆或者表现之一，部分患者可以在发病前后数年内因血管炎而危及生命。其病理改变主要是巩膜外层血管发生闭塞性脉管炎。主病灶及周围出现无血管区，炎症消退后，巩膜呈蓝灰色的外观。
如果是坏死性巩膜炎，则表现为穿孔性的巩膜软化症。有长期性类风湿性关节炎，也可以并发角膜炎、前葡萄膜炎、青光眼等等。轻微的外伤或眼内压增高就可能导致巩膜穿孔。