便秘时灌肠操作会使患者感到一定的不适感，但大多数人都可以耐受。
灌肠属于常用的医用侵入性操作，对治疗严重便秘具有显著效果。在操作中需要将润滑后的灌肠袋肛管前端插入肛门内7~10cm，以便灌肠液可以顺利进入到直肠内，并要求灌肠液最好在直肠内保留数分钟的时间，使得灌肠药物充分发挥作用。
在这个过程中，依个人耐受度不同会感到一定的不适感，但是大多数人都可以忍受下来，并无明显痛苦。
但是，灌肠操作不当时会损伤肠道黏膜，甚至造成肠穿孔，故在便秘时应请专业的医护人员进行灌肠操作。