结肠阿米巴病的症状与患者的疾病严重程度有关。
轻型的结肠阿米巴病，症状一般不典型，也不是很明显，可能会出现间歇性的腹痛以及腹泻。部分普通型结肠阿米巴病的患者，可能表现全身症状很轻，但是有可能会出现黏液性的血便，每日十多次。
部分患者可能会出现全身的不适，表现为突然的高热，并且有剧烈的肠绞痛。还可能会伴有呕吐、失水，以及肠出血、肠穿孔等疾病的临床表现。
部分暴发型的结肠阿米巴病，还可能会出现嗜睡、昏迷等临床表现，导致患者出现生命危险。