肺部真菌感染是否需要手术治疗要具体分析其病情。通常情况下，手术治疗并不是肺部真菌感染常规治疗手段，大多数患者是不需要手术治疗。肺部真菌感染患者通过使用敏感的抗真菌药物治疗，配合对症处理，大多数患者是能治愈。
但少部分肺部真菌感染患者有以下情况时，可能需要通过手术治疗，例如因肺部真菌感染病灶引发大咯血或反复咯血药物治疗效果不佳时，特别是肺毛霉菌病的患者。部分肺真菌感染病灶呈现占位性病变，例如形成球形病灶或空洞性病灶等，难以与其他病变相鉴别，不能除外肿瘤时，通过手术切除进一步明确其病理诊断。
还有少数肺曲霉球的患者，经过正规治疗几个月后，仍无明显好转，仍有相关症状，此时也可以手术切除局部肺真菌病灶。