甲状腺3项和5项是指甲供3项和5项，它们的区别是在于甲状腺两项抗体：
甲功3项包括的是三碘甲状腺原氨酸、游离甲状腺素FT4、促甲状腺素TSH；而甲功5项，除了包括甲功3项，还包括甲状腺2项抗体，也就是甲状腺球蛋白抗体TGAB，和甲状腺过氧化物酶抗体TPOAB，这两项抗体，主要代表甲状腺自身免疫的证据。
如果查甲功2项明确的是甲状腺功能情况，来诊断甲亢甲减，另外两项抗体就证明是否存在甲状腺自身免疫证据，如对毒性弥漫性甲状腺肿伴甲亢的诊断，以及桥本甲状腺炎等自身免疫性甲状腺病的诊断，2项抗体就非常有意义。