直肠息肉的治疗包括药物治疗，内镜下手术切除以及手术治疗。
对于一些由于肠道炎症性病变所导致的增生性息肉或者炎症性息肉，以治疗原发疾病为主，主要采取药物治疗。而对于直肠腺瘤型息肉可以采取经内镜下切除。治疗方式包括氩气刀治疗、高频电凝圈套电切术、内镜下黏膜剥离术，以及内镜下黏膜切除术等。
对于直肠中下部的腺瘤型息肉可以直接经肛门切除。如果直肠息肉已经有癌变，尤其是转变成为浸润癌，就应该及时行经腹或者腹腔镜辅助下直肠根治性切除手术。