在临床上，冠状动脉瘤的治疗，不管是先天性冠状动脉瘤，还是后天性冠状动脉瘤，一经发现确诊，提倡要进行积极手术治疗。
但是有一种特殊情况，如对于川崎病引起的冠状动脉瘤，一般是不需要手术治疗，大多数在应用阿司匹林、γ-球蛋白等治疗后，即可取得显著的效果。
冠状动脉瘤需要在低温体外循环下，进行手术治疗，多数需要行动脉瘤切除或者瘤体两端结扎术，然后用大隐静脉或乳内动脉搭桥。对并发心肌梗死者可采取溶栓治疗，效果不满意者，仍需手术治疗。