鼻咽癌的病人在放疗后可以引起很多后遗症，其中全身的放射反应可以表现为乏力、头晕、进食减少、恶心、呕吐，以及口中没有味或者变味等情况。
局部不良反应主要包括口咽、鼻咽、鼻腔、鼻旁窦内黏膜反应，唾液腺放射反应，局部皮肤和皮下组织放射反应，放疗晚期放射反应，以及出现张口困难等后遗症。
有一些病人在放疗后可以出现皮肤以及皮下组织继发感染，可能出现放射性中耳炎等。放射性脑病和放射性脊髓病，也属于鼻咽癌放疗的后遗症。