睡醒头痛可能为生理性原因所引起，也可能为病理性原因，需要针对不同的病因选择正确的治疗方法。
生理性因素主要是由于睡眠质量不好、睡眠时间不足而引起的头痛。可通过多注意休息，保证充足的睡眠给予缓解。病理性因素导致的头痛，其原因是比较多的，比如没能按时服用降压药物或休息不好、生气着急等因素致使血压升高。可通过服用降压药物、调节自己的情绪、保证睡眠充足，当血压控制平稳后，可改善头痛症状。
另外，脑供血不足、紧张性头痛、偏头痛等因素，也可引起睡醒后头痛，针对这些原因应积极治疗原发病。