肠结核会导致肠道穿孔，以溃疡型肠结核多见。
溃疡性肠结核是比较多见的一种肠结核类型，肠结核的结节增大时会有干酪样坏死，会影响临近肠管的血供，造成肠道黏膜水肿和局部坏死。坏死组织脱落以后会形成小溃疡，小溃疡不断的融合增大而形成深浅不一的潜行溃疡。
而溃疡严重的有可能会导致肠壁穿孔，有些慢性的穿孔会形成腹腔脓肿或者肠瘘。而溃疡瘢痕愈合以后会导致肠壁僵硬，引起肠腔狭窄，会并发肠梗阻的症状。