先天性肺囊肿患者诊断明确后，一般建议及时手术切除。因为先天性肺囊肿继发感染，一般先使用抗生素抗炎治疗，然后进行手术，对于继发性感染，药物治疗一般无法根治。
相反如果多次感染导致周围炎症反应，可能会引起胸膜广泛粘连，容易发生并发症，并且会严重影响手术后的效果。
对于症状严重，尤其在出现发绀、缺氧、呼吸窘迫者，更应及时手术。对于肺囊肿症状较轻及无继发性感染的患者，手术效果一般比较好。建议患者及时到医院进行治疗。