反流性食管炎引起消化不良，首先需要治疗其原发疾病。其治疗方法主要包括以下几种：
一、一般的治疗，主要包括调整日常饮食习惯和生活习惯，平时尽量少吃巧克力和含咖啡因的食物，避免酸性和刺激性食物，睡前两到三小时不要进食，白天餐后不要立即卧床，体重超标者应减轻体重。
二、药物治疗，其主要包括抑酸、制酸、粘膜保护剂以及促动力药。
三、内镜治疗。
四、手术治疗，此方法主要用于内镜或者是内科治疗无效时，其目的是修补疝裂孔、抗反流、纠正食管狭窄。