扁平疣在进行药物治疗之后，是可以慢慢的进行消退的。不过消退的主要表现就是，在扁平疣皮肤的表面开始出现局部角化的改变，也就是局部的皮肤可能会变硬。而且扁平疣部位的皮肤颜色慢慢变深，皮肤可以出现表皮的萎缩，还有可能会出现局部脱屑等现象。
随着用药时间的延长，扁平疣凸起部分就可以逐渐地变平，最终能够形成与皮肤颜色接近或者是一样的丘疹的改变，再然后慢慢的皮肤颜色恢复到正常。
在此过程中间，患者如有可能会出现皮肤的瘙痒或者是变红的现象，均属于正常的现象。