角膜营养不良发病时大多表现为眼部视力下降、视物模糊等，每一种类型病变有不同的临床表现。
角膜营养不良根据发病的位置可分为前部、基质部和后部角膜营养不良。前部角膜营养不良，表现为眼痛、眼部刺激明显、易流泪、视力模糊等。角膜上皮可见有点片状、地图状斑块或者线条改变。
基质部的角膜营养不良，多表现在角膜前弹力层或角膜上皮不同程度的混浊或溃疡。后部角膜营养不良主要表现为角膜内皮失代偿、角膜内皮水肿、增厚，甚至挤压前房等。