肛管损伤最主要的症状表现为损伤后肛门局部的流血和肛门部的疼痛。
如果损伤同时累及直肠，则会出现粪便污染伤口，后期会因为直肠肛管周围间隙感染，出现发热、畏寒，肛门部疼痛加剧、尾骶部坠胀、腹痛等等一些临床症状。如果损伤累及膀胱、尿道，则会有尿液自损伤口流出。
陈旧性的损伤病人会伴有肛门失禁或部分肛门失禁，表现为排便、排气不能自控，尤其是稀便时加重，有些还会表现为肛门狭窄，患者会伴有便秘、肛门坠胀不适等等症状。