肛拭子检查主要是将拭条插入肛门内约3cm，在肛管内壁皱褶处进行涂抹，以取得肛管内壁皱褶处分泌物以及少量粪便。之后将取样放置于标本收集器当中，送化验室进行检查。
肛拭子检查新冠病毒，主要包括两方面标本，一方面为肛管内壁的分泌物，一方面为少量粪便。根据现有的临床数据观察，如果感染新冠病毒，则患者肛拭子检查阳性存续时间要大于咽拭子以及鼻拭子。
所以临床上目前多应用于多次咽拭子以及鼻拭子检查阴性的人群，以减少漏诊。