早上咳嗽有脓痰是因为呼吸道内发生细菌性感染，痰液在夜间通过长时间地积聚，达到一定数量时就会排出体外。
痰液属于呼吸道的一种炎性渗出物，在发生化脓性感染时，痰液的颜色就会变成黄绿色甚至变得黏稠，从而形成脓痰。因为在平睡过程中，由于体位处于静止状态，痰液流动的可能性极其少见，所以夜间很少出现咳嗽、咳脓痰。
早晨起床后体位改变，痰液开始流动，就会对呼吸道黏膜造成刺激，从而引起咳嗽，促使脓痰排出。