色素痣和复合痣的区别在于疾病的范围。
普通的色素痣除了包括复合痣之外，还包括交界痣和皮内痣。而复合痣也称之为混合痣，本身是既包含表皮交界痣，又包含表皮皮内痣的一种色素痣。这种情况色素痣包含复合痣，又不仅只有复合痣。
从临床症状上，色素痣可能是与皮肤相平或者是凸起于皮肤的，而复合痣一般是轻度凸起于皮肤的。色素痣是否出现疾病性质的转变，是要依据色素颗粒在皮下堆积的层次来决定的。而复合痣一般其性质可能会出现变性，但是相对比较稳定，因为复合痣的层次并不会特别深。