表皮痣和色素痣的区别在于发病原因和临床症状。
表皮痣主要就是由于常染色体显性遗传导致，也有可能与基因突变有一定的关系，本身是基底膜带出现的一些发育异常。而色素痣则是由于某些因素刺激，引发皮肤内部的黑色素细胞分泌了较多的黑素颗粒而形成的一种改变。
而从临床症状上，表皮痣主要是凸起于皮肤的疣状改变，可以成条状或带状分布，也可以引发神经症状出现明显的改变，出现神经性耳聋、癫痫等。而色素痣则主要以局部症状改变为主，会形成一些凸起于皮肤或者与皮肤相平的色素性异常性改变，边缘较为清晰，呈现圆形或椭圆形，有可能会产生恶变。