做完肠镜后头晕、反胃，可能是因为纤维内镜对肠道的刺激，以及自身紧张情绪等引起的机体迷走神经兴奋。此时通过休息、放松心情等方式，头晕及反胃症状就会明显缓解。
做肠镜需要禁食及清洗肠道等准备，也可能在做完肠镜后发生低血糖反应，从而出现头晕、反胃症状。如经确诊是低血糖原因引起的，需要立即补充葡萄糖缓解症状。
做无痛肠镜因为麻醉药的后遗症效果，也会出现头晕、反胃，这些症状经过充分的休息后就会缓解。