包虫病可以长在人体的多个部位，如肝脏、肺脏、脑组织、肾脏、脾脏、心肌、心包、肠道系统等都可以寄生包虫，也可以累及血管，包括主动脉会引起相应的压迫症状。
最常累及的部位是肝脏，占包虫病的75%。尤其是位于肝脏右叶近表面处，患者常常会出现肝脏肿大，表面会触及一个无痛性的囊性肿块。如果压迫了胆管，会出现黄疸；如果压迫了门静脉，患者会出现门静脉高压的症状。
肺包虫病患者常常有胸痛和咳嗽症状，如果和支气管相通，患者会咳出大量的液体。脑包虫病多见于儿童，患者会有头痛、视乳头水肿等症状。