肛周脓肿如果出现二次复发，再次出现局部肿痛症状时，其治疗原则和首次发生是一样的，也是应该及时将脓腔切开，并保证脓液引流通畅。
但对于二次原位置肛周脓肿复发的患者，大多内口位置相对比较明确，所以在切开引流的过程中，可以去寻找肛周脓肿的内口。对于内口明确的患者，在第二次手术时，可以行一次性根治术，以防止肛周脓肿术后再次出现复发。
而少部分患者内口仍然无法明确的，也不要强行去探查，应行单纯的脓肿切开引流，以防止造成假内口，而增加后期治疗的难度。