双侧输卵管囊肿主要采取药物治疗和手术治疗。
输卵管囊肿大多是因为炎症引起，也有可能是生理性的。如果囊肿不大没有不适的症状，可以考虑自行吸收，通常不需要治疗，每半年或者1年复查1次。如果囊肿偏大而且有不适的症状，可以采取抗生素治疗，或者可以口服一些活血化瘀的药物，比如桂枝茯苓丸、红金消结片。
如果药物治疗没有明显效果，囊肿反而增大的情况，或者附件囊肿直径大于5cm，已经达到手术指征，必须采取手术治疗。目前可以采取腹腔镜或者微创手术治疗。