外耳道疖肿的发病原因主要是葡萄球菌的感染。但耳道黏膜皮肤正常的情况下，通常不会出现葡萄球菌感染的情况，而容易出现葡萄球菌感染的原因主要有下列几种：
1.不良的生活习惯，例如长时间佩戴耳机听音频，长时间佩戴防噪音耳塞，使用棉签或手指甲挖耳朵等行为，有可能引发耳道黏膜的异常破损。
2.耳道进水，如果患者在进行游泳或者是淋浴等的过程中，含有微生物的液体进入到了耳道，可能引发致病菌感染的现象出现。
3.患者如果本身就患有外耳道湿疹或者外耳道炎等耳部疾病，也可能引发疖肿出现。