有严重心脏或肺脏疾病的患者，不能进行小肠镜的检查。
小肠镜检查的过程中难度比较大，检查过程中患者可能会出现腹痛的症状，有心肺疾病的患者检查过程中可能会导致病情发作，甚至有发生死亡的风险。小肠镜检查过程中疼痛比较严重，所以要求小肠镜检查进行全麻，没有全麻条件的医院不能进行小肠镜的检查。
有明确消化道穿孔的患者不能做小肠镜的检查，小肠镜的检查目的就是明确肠道的病变，如果消化道存在穿孔，不能进行小肠镜的检查。