尿道狭窄、泌尿生殖系统急性感染等疾病不适合做膀胱镜检查，膀胱镜检查是在直视下对膀胱以及尿道腔内进行观察，同时可以取活检标本进行病理学检查。
膀胱镜检查有绝对禁忌症和相对禁忌症。在膀胱镜检查前，如果没有考虑到尿道狭窄的情况，可能导致尿道损伤、假道等情况。在泌尿生殖系统感染的急性期是膀胱镜检查的绝对禁忌症，因为在炎症期间进行膀胱镜检查会导致炎症扩散，加重病情。
除此之外，女性的月经期，不能耐受膀胱镜检查等情况，也不适合做膀胱镜检。