可以通过临床表现和电子胃镜检查鉴别胃溃疡和十二指肠球部溃疡。
胃溃疡患者多表现为吃完东西后上腹痛，十二指肠球部溃疡多表现为饥饿的时候腹痛和夜间腹痛。两者腹痛部位也有不同，胃溃疡患者多表现为左上痛，十二指肠球部溃疡多表现为中上腹痛。
电子胃镜检查是鉴别胃溃疡和十二指肠球部溃疡最准确的方法，电子胃镜下可以直接看到溃疡的部位，胃溃疡主要发生在胃角和胃窦小弯，十二指肠球部溃疡发生在十二指肠球部，还可以做活组织病理检查，更有助于两者的鉴别。
此外胃溃疡常发生在中老年人人群中，十二指肠球部溃疡多发生在青少年中，可以根据年龄大致判断是胃溃疡，还是十二指肠球部溃疡。