肠扭转与肠套叠有很大的区别。
首先，发病机制不同。肠扭转是肠管发生了扭转的位置变化以后，而出现血运障碍。肠套叠则是一段肠管进入了另一段肠管的肠腔内，造成的肠管输送功能障碍。
另外，两者的发病人群也存在一定的差异。肠扭转比较常见的是男性发病，尤其是进行重体力劳动，或者是有便秘等病史的中老年人。肠套叠最常见的是2岁以下的幼儿发病。
两者的治疗方式也存在区别。对于幼儿出现的肠套叠可以采用灌肠方法复位，如果存在肠管坏死，要积极地进行手术。肠扭转的病人可以采用手法复位等非手术治疗方式，对于保守治疗无效或者是怀疑有严重血运障碍的病人，要进行急症手术治疗。