食管癌的发病原因目前还不是很明确。一般认为人的生活环境、饮食生活环境和习惯、遗传易感性等都与食管癌的发生具有一定的关系。
首先，在食管癌的发生原因当中，一些化学的致癌物质具有重要的作用，比如亚硝胺类的化合物具有很高的致食管癌的特性。
其次，一些生物因素，比如真菌的感染也可能会诱发食管癌的发生。如果在饮食中长期缺乏一些微量元素和维生素，都可能会加重食管癌发生的可能。长期的抽烟、饮酒、进食热的食物和饮料以及口腔不洁等不良的生活习惯，都可能与食管癌的发生有一定的关系。食管癌它还具有一定的遗传的易感因素。