长时间脱水不会导致克罗恩病。克罗恩病的病因目前尚不确定，医学界推测饮食习惯的西化、遗传因素和免疫力等原因相结合，是引起克罗恩病的主要原因。免疫系统功能障碍，会让肠道对环境、饮食或传染病原反应过度，某些患者可能具有免疫系统功能障碍的遗传倾向。
吸烟也会助长克罗恩病的发展和定期发作，口服避孕药会加大患克罗恩病的风险。首次发作后即完全缓解，并不再复发的情况很罕见。
克罗恩病几乎总是在患者的整个生命中不定期发作，发作可能是轻度或严重、短暂或长期。严重发作可能会导致强烈腹痛、脱水和消化道出血的现象。