为了避免混淆流感和新冠，首先要针对两者的不同之处以及特点予以区分，例如两者的流行病学史不同。新冠有近两周内前往过疫区以及高风险地方、接触了感染者、发生了群聚性的病例，而流感目前多呈现散发病例。
此外，从临床症状上加以区分。流感多以全身症状为主，例如高热、全身酸痛、头痛不适，如果其未合并有肺炎，此时可以无明显的咳嗽、喘闷等症状。而新冠患者多以干咳、发烧、乏力为主，但有时还可以表现为无症状感染者。
最终确诊避免混淆的方法就是要及时完善流感与新冠的核酸检测和特异性抗体检测。但少数患者还有可能存在流感和新冠混合感染的情况，亦要加以鉴别和区分。