卡他莫拉菌属于革兰阴性双球菌的一种，所以在治疗上可以选择对这种细菌敏感的药物来进行治疗。
临床上常用的药物主要包括阿莫西林克拉维酸、磺胺甲噁唑、甲氧苄啶、大环内酯类药物、四环素、二代头孢类药物、氟喹诺酮类等，而且这种细菌对替卡西林、哌拉西林、氨基糖苷类药物、头孢菌素注射剂等也比较敏感。
在临床上可以使用这些药物来进行疾病的治疗，而首选的药物是阿莫西林克拉维酸钾或者是氨基糖苷类抗生素。平时需要提高免疫力增强体质，治疗原发病。