胃食管反流症可以采用内科用药治疗，如果内科治疗无效，可以采用镜下或手术治疗。
轻度的胃食管反流症内科保守治疗后，一般能够缓解患者反酸、烧心的表现，常用的药物包括抑制胃酸分泌的质子泵抑制剂，比如奥美拉唑、兰索拉唑，和保护黏膜的药物，比如铝碳酸镁、铝镁钾等，用药时间比较长，患者必须有很好的用药依从性。治疗后仍然需要调整生活和饮食习惯，饮食上以清淡、易消化为主，吃完东西不要立刻躺下。
重度的胃食管反流病患者症状比较明显，且夜间发作频繁，常常影响睡眠。如果内科用药没有效果，可以选择做胃底折叠术等手术治疗。