婴儿吃益生菌的副作用相对较小，只有在以下两种情况下会出现副作用：
1.家长给婴儿超剂量服用益生菌。
2.家长给宝宝长时间服用益生菌。
上述情况下容易导致宝宝服用的益生菌严重干扰宝宝正常的肠道屏障作用，使肠道内正常的菌群的功能受到抑制，导致宝宝对益生菌产生一定的依赖性，对宝宝正常的消化功能是不利的。
因此建议家长给宝宝服用益生菌时不要盲目服用，要先咨询医生，掌握好药物的剂量和用药的疗程，千万不要随意调整剂量，以确保宝宝的用药安全。