宝宝喝益生菌的副作用相对较小，主要体现在服用益生菌时间过久，宝宝出现了肠道内正常的菌群平衡受到影响，调节功能受到抑制，表现出机体免疫力低下、身体素质差等。
因为益生菌属于一种活性微生物，宝宝机体内正常情况下也会存在一定的益生菌，维持正常的肠道微生物环境稳定。
如果宝宝服用益生菌的时间过久，容易干扰宝宝肠道正常的微生态系统平衡，削弱了肠道内正常的屏障保护作用。因此，建议家长给宝宝服用益生菌时，要严格遵照医嘱，避免家长擅自用药。