呼吸道感染咳嗽时，要根据具体的病因和病情选择相应的药物治疗。呼吸道感染因感染的致病原不同，所需要选择的抗感染药物亦有不同。
如果是细菌性呼吸道感染引起咳嗽，多需要选择敏感的抗生素消炎。
如果是由结核杆菌导致的肺结核，则需要予以抗结核药物规范的治疗。
如果是真菌性呼吸道感染，则需要选择相关的抗真菌药物。
部分病毒性呼吸道感染也要使用一些抗病毒药物，例如奥司他韦胶囊等。
呼吸道感染在抗感染的同时，通常还需要配合对症处理的药物。例如予以适当止咳药物，常使用复方福尔可定口服液、复方甲氧那明胶囊等。
部分病毒性呼吸道感染者可伴有气道高反应性，还可以加用酮替芬等抗组胺类药物。有时痰液黏稠不易咳出而诱发咳嗽，还需要加用祛痰药物。