儿童上呼吸道感染咳嗽，要根据引起咳嗽的病因以及感染的致病菌类型选择合适的用药。
上呼吸道感染有可能会引起咽喉出现充血、水肿、疼痛，引起刺激性的咳嗽。此种情况可以服用清热解毒的中药，例如蓝芩口服液、双黄连口服液等，改善咽喉局部的充血、水肿。如果合并细菌感染，可以结合应用阿莫西林克拉维酸钾抗炎治疗，能逐渐改善咳嗽。
对于支原体感染引起的咳嗽，可以给予阿奇霉素、小儿止咳糖浆、盐酸氨溴索等药物止咳治疗，必要时应用糖皮质激素雾化吸入综合治疗，改善咳嗽症状。