扁桃体肥大可能是生理性肥大，也可能与腺体样肥大、上呼吸道感染有关。
1.生理性肥大。扁桃体是人的免疫器官，儿童在生长发育期间淋巴免疫器官发育得比较旺盛，如果只有单纯的扁桃体肥大，没有吞咽困难、吞咽疼痛的症状就属于生理性肥大，不需特殊治疗。
2.腺体样肥大。如果儿童有慢性鼻窦炎，机体会出现免疫反应，抗原抗体免疫复合物直接刺激扁桃体，造成扁桃体的腺体增生，腺体分泌物由于阻塞无法排出，会进一步肿大，此类型的扁桃体肿大不容易消退。
3.上呼吸道感染。溶血性链球菌容易感染呼吸道，感染后会产生炎性介质，例如前列腺素、缓激肽等增加血管通透性，组织水肿，导致扁桃体一过性肿大。