亚急性甲状腺炎这种疾病具有自限性，如果症状比较轻，一般不需要特殊处理，适当休息即可。
如果患者仅有颈部的一个轻度的疼痛，可以给予非甾体类的消炎镇痛药。如果疼痛比较重或者是有持续性的高热、有全身性的症状，可以给予糖皮质激素治疗，一般首选泼尼松。在治疗后的数小时，就可以出现疼痛的缓解，甲状腺肿大开始缩小，用药1到2周以后，可以逐渐减量疗程，一般是一到两个月。当然也可以选择局部用药，局部用药都是使用第三米松局部注射。
亚急性甲状腺炎还会出现甲亢或者甲减，这些多为暂时性的，一般不需要特殊处理。而有的患者会遗留永久性的甲减，这种情况是需要给予补充甲状腺激素的治疗的。