生殖器疱疹经常复发，可以外用一些抗病毒的药物进行对症治疗，例如口服阿昔洛韦片、伐昔洛韦片，局部外用喷昔洛韦乳膏、干扰素凝胶等。
生殖器疱疹作为一种病毒感染性疾病，在治疗方面主要的目的在于抗病毒，也可以根据疱疹所引起的其他症状，采取有效的对症方法，例如疼痛比较严重的生殖器疱疹，可以服用布洛芬缓释胶囊或者尼美舒利分散片。
生殖器疱疹反复发作的原因与免疫力低下有关，服用一些免疫调节剂可以增强机体的免疫力，可以减少生殖器疱疹的复发几率，例如转移因子口服溶液、胸腺肽肠溶片等。