桥本甲减和甲减的区别主要是病因的区别。
桥本甲减患者不单存在甲状腺功能减退，而引起甲状腺功能减退的病因明确，就是桥本甲状腺炎。
桥本甲状腺炎属于自身免疫性的甲状腺炎症，细针穿刺、病理检查可以查到有较多的淋巴细胞浸润。甲减是单纯的定性的诊断，也就是功能减退，但是引起甲减的病因并不明确。
有可能是桥本甲状腺炎引起，也有可能是甲亢在给予碘-131治疗以后引起，还有可能是甲状腺手术以后引起，甚至还可以是先天性的甲状腺发育不全或者缺如而引起，所以甲减包括的疾病更多，桥本甲减只是甲减的其中一个类型。