肛瘘是可以上厕所的，肛瘘在静止期时，患者一般无疼痛症状，或仅感觉肛门周围轻微不适，这时不影响上厕所。
肛瘘处于慢性感染期时，位于肛门周围皮肤上的外口会反复的淋漓不断的向外流出脓血样物，这时患者可感觉肛门周围有肿胀不适感，但因引流通畅，感染症状不是很严重，患者仍能进行排便。
肛瘘处于急性感染期时，因内口堵塞，瘘管引流不通畅导致感染加重，局部会形成脓肿，患者可能出现肛门疼痛剧烈，畏寒发热等症状。这时就可能导致排便困难，应及时给予通便药物治疗，以防发生便秘，进一步加重肛瘘的病情。