胃活检可能查出幽门螺杆菌，也可能查不出来。
通过胃活检查幽门螺杆菌，主要采用快速尿素酶试验、组织病理检查，或幽门螺杆菌培养。如果幽门螺杆菌没有寄生在活检部位，寄生在胃内其他部位时，可能会出现检查结果假阴性。
因此，检查幽门螺杆菌时，如果有条件建议做尿素呼吸试验，比如碳13或碳14呼气试验，这种检查方法准确性相对高，可以反映全胃幽门螺杆菌感染状况，克服细菌呈局灶性分布造成的快速尿素酶试验假阴性。
但当尿素呼吸试验检测值处于临界值附近时，结果相对不可靠，可以间隔一段时间后再次检测，或改用其他方法检测。对于根除幽门螺杆菌后复查的患者，也建议做呼气试验。