小儿肠套叠的病因至今没有完全明确，可能与以下几方面有关。
一、饮食以及辅食的改变和刺激，婴幼儿时期肠蠕动变化比较大，容易发生肠蠕动的紊乱，比如说增添了辅食或者是食物的改变，气候环境的一些改变，还有肠管本身的疾病，都可以诱发肠蠕动的紊乱，引起肠套叠的发生。
二、局部解剖的因素，小儿时期回盲部较易游动，当回肠蠕动发生异常，就可以牵拉肠壁，形成肠套叠。
三、病毒感染或者是一些其他的原因，可以造成回盲部淋巴结的肿大，最常见的就是腺病毒以及轮状病毒的感染，这些病毒的感染引起了对肠管的刺激，导致肠套叠的发病，