肛周脓肿的治疗一般主要通过手术进行处理，而且是越早越好。如果是患者不希望进行手术，或者发现肛周脓肿的时间非常早，是可以选择药物治疗的。表面的肛周脓肿可选择口服抗生素，脓肿较大的患者需要联合用药。同时在患处涂抹活血止痛、消肿化瘀的外用药物。平时还要注意饮食和卫生。手术治疗主要有三种方法：
第一，是对患处进行抽脓解压。
第二，是进行切开排脓。
第三，是对脓肿进行根治术。除了要将脓肿切开外，还需要将周围坏死的组织完全清除，局部填塞引流条进行引流。