检查出患有肝脓肿后，在急性期的时候最好是选择静脉使用抗生素类的药物。如果肝区有明显的疼痛感存在，可以适当的吃些止疼的药物，比如布洛芬、元胡止痛药。
如果脓肿比较大的时候，需要先进行切开引流，然后使用抗生素进行治疗。在使用抗生素治疗前最好先明确导致肝脓肿的病因，这样才更有针对性选择抗生素来进行治疗。
如果是细菌性肝脓肿可以使用青霉素类、头孢类的药物。如果是阿米巴性肝脓肿、真菌性肝脓肿，可以使用抗阿米巴药物及抗真菌的药物。